Gruźlica nerek i dróg moczowych może powstać w każdym okresie zakażenia gruźlicą. Gruźlica nerek powstaje na drodze wysiewu krwiopochodnego do warstwy korowej obu nerek. Gdy dochodzi do ewolucji procesu chorobowego, rozwój gruźlicy nerek z bliżej nie wyjaśnionych powodów jest przeważnie jednostronny. Proces chorobowy szerzy się wzdłuż kanalików w kierunku brodawek nerkowych, gdzie tworzą się nacieki, które mogą prowadzić do serowacenia, rozpadu i tworzenia się jam. W tym okresie może dojść do zakażenia moczowodów, pęcherza moczowego i najądrzy.
Gojenie się zmian może być połączone z tworzeniem się blizn, co z kolei może prowadzić do zwężenia moczowodów, wodonercza i zagrażać czynności nerek.
Rozpoznawanie gruźlicy nerek we wczesnym okresie jest bardzo trudne. W zależności jednak od przebiegu gruźlicy w innych narządach, a przede wszystkim w płucach, można mniej lub bardziej podejrzewać istnienie gruźlicy nerek.